Le virus Shamonda, resté sans cas humain pendant des décennies en Afrique et en Asie, vient d’être détecté pour la première fois chez une personne. En effet, le 22 octobre 2026, les ministères français de la Santé et de l’Agriculture ont annoncé qu’un patient était mort début octobre à Lyon, en France, après avoir contracté cette infection. Cet homme était soigné aux Hospices civils de Lyon pour une maladie grave qui affaiblissait fortement son système immunitaire. Mais les autorités ont reconnu : « le virus Shamonda (ndlr: qui touche normalement les bovins) était jusqu’ici considéré comme non transmissible à l’être humain… Il s’agit donc d’un cas exceptionnel concernant un patient sévèrement immunodéprimé ».
La cause du décès reste pourtant à établir mais le ministère de l’Agriculture a estimé que « les complications cérébrales observées chez le patient avant sa mort étaient très probablement liées à l’infection par le virus Shamonda ». Toutefois, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) s’est montré plus réservé, puisque les enquêtes cherchent à déterminer « si le virus a causé ou contribué au décès du patient, et comment l’infection a été contractée ». La piste privilégiée est celle d’un moucheron qui aurait piqué l’homme dans l’est du pays, zone où des élevages étaient déjà touchés.
Un virus apparu en Europe cet été
Le virus avait déjà été repéré sur le continent fin juillet 2026, lors de tests génomiques sur des bovins malades dans le sud de l’Allemagne, en Suisse et dans l’est de la France. Toutefois, son histoire commence pourtant au Nigeria, où il a été isolé en 1965, avant des signalements espacés chez des bovins en Afrique de l’Ouest, de l’Est et australe, puis au Japon. Notons que les autorités sanitaires françaises ont souligné qu’aucune infection humaine n’avait été documentée durant toutes ces années de circulation.
Les analyses génétiques publiées début octobre dans la revue Eurosurveillance, éditée par l’ECDC rattachent les souches européennes à celle du Nigeria de 1965 et distinguent deux lignées sur le continent. En effet, la première circule dans le sud de l’Allemagne, en Suisse et en France, la seconde dans le nord-ouest allemand. Les chercheurs précisent aussi que cette seconde lignée n’est pas née d’un mélange local entre virus, ce qui indique deux introductions distinctes en Europe.
Du côté des autorités françaises, dans leur communiqué commun, les ministères ont affirmé que « sur la base des connaissances actuelles sur ce virus, aucun risque sanitaire pour la population générale n’a été identifié à ce stade ». La France a, en outre, notifié le cas à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et à l’ECDC.